Hi-C is derived from chromosome conformation capture (3C) and targets chromatin contacts on a genomic scale. This method has also been used frequently in scaffolding nucleotide sequences obtained by de novo genome sequencing and assembly. Despite its prevalent use, the sample preparation methods for Hi-C have not been intensively discussed, especially from the standpoint of genome scaffolding. This database provides the benchmarks using multiple sample preparation kits/protocols and computational programs for Hi-C scaffolding. It includes a new customized protocol designated "inexpensive and controllable Hi-C (iconHi-C) protocol", which incorporates the optimal conditions identified. Chromosome-scale genome scaffolding based on Hi-C chromatin interactions Hi-Cクロマチン相互作用に基づく染色体スケールのゲノム配列構築 Hi-C is derived from chromosome conformation capture (3C) and targets chromatin contacts on a genomic scale. This method has also been used frequently in scaffolding nucleotide sequences obtained by de novo genome sequencing and assembly. Despite its prevalent use, the sample preparation methods for Hi-C have not been intensively discussed, especially from the standpoint of genome scaffolding. This database provides the benchmarks using multiple sample preparation kits/protocols and computational programs for Hi-C scaffolding. It includes a new customized protocol designated "inexpensive and controllable Hi-C (iconHi-C) protocol", which incorporates the optimal conditions identified. Chromosome-scale genome scaffolding based on Hi-C chromatin interactions http://metadb.riken.jp/metadb/db/hic Hi-Cは染色体コンフォメーションキャプチャー法（3C）に由来し、ゲノムスケールでクロマチンの相互作用を検出可能である。また、de novoゲノムシークエンスやアセンブリによって得られる断片化された核酸配列をつなぎ合わせるスキャフォルディングにも頻繁に使用されている。しかし、Hi-C法は広く普及しているにもかかわらず、特にゲノムスキャフォールドを目的としたサンプル調製法についてはこれまで盛んに検証されてこなかった。　本データベースでは、Hi-Cスキャフォルディングのための複数のサンプル調製キット、プロトコール、及び解析プログラムを用いたベンチマークを提供している。また、サンプル調製手法には、新たに開発したinexpensive and controllable Hi-C (iconHi-C)と名付けた、Hi-Cの調製条件を最適化したプロトコルが含まれる。 Hi-Cクロマチン相互作用に基づく染色体スケールのゲノム配列構築 Hi-Cは染色体コンフォメーションキャプチャー法（3C）に由来し、ゲノムスケールでクロマチンの相互作用を検出可能である。また、de novoゲノムシークエンスやアセンブリによって得られる断片化された核酸配列をつなぎ合わせるスキャフォルディングにも頻繁に使用されている。しかし、Hi-C法は広く普及しているにもかかわらず、特にゲノムスキャフォールドを目的としたサンプル調製法についてはこれまで盛んに検証されてこなかった。　本データベースでは、Hi-Cスキャフォルディングのための複数のサンプル調製キット、プロトコール、及び解析プログラムを用いたベンチマークを提供している。また、サンプル調製手法には、新たに開発したinexpensive and controllable Hi-C (iconHi-C)と名付けた、Hi-Cの調製条件を最適化したプロトコルが含まれる。